Soms gebeurt het dat de zaadleiders niet goed genoeg werken. Er wordt wel degelijk sperma geproduceerd, maar door een anatomische afwijking komen er geen spermatozoïden in het ejaculaat terecht. Zonder een operatie kan geen bevruchting worden gegarandeerd.
Het syndroom van Klinefelter is een andere erfelijke aandoening die gekenmerkt wordt door een genetische afwijking. Dit syndroom wordt veroorzaakt door een extra X-chromosoom (XXY in plaats van XY). Het is noodzakelijk om genetisch advies in te winnen vóór een zwangerschap.
Een andere afwijking van het genetisch materiaal is de Y-microdeletie. Deze afwijking komt vaak voor bij mannen met sperma van een zeer lage kwaliteit en wordt opgespoord tijdens een bloedonderzoek. Aangezien deze afwijking erfelijk kan zijn, is genetisch advies noodzakelijk.